在農業方面，利用水溶性殼聚糖為原料，采用現代生物技術分解、提取并添加多種微量元素(植物生長所需)精制而成的肥料，因其在農業方面所取得的良好效果，被人們譽為“植物疫苗”。它在農業生產應用中，不僅能使作物長勢好,植株健壯，光合作用增強，而且在抗逆性、抗病蟲害方面也表現出明顯效果，所以有穩定而顯著的增收效果。此外，該產品對作物品質的改善和食品營養價值和經濟價值也提高有較大的意義。
　　另一方面，水溶性殼聚糖可作為植物生長調節劑，促進農作物產量提高，還可作為土壤改良劑及用于收獲后農產品的保鮮等。尤其是其在植物病害方面已逐漸成為人們研究的熱點。大量研究表明，它可以誘導植物產生抗性、增強植物的自身防衛能力、多種植物病原微生物的生長，而且其無毒并可為微生物降解，對環境不會產生污染。這使其有可能作為一種新型的綠色農藥在農業生產中發揮重要的作用。
　　一. 水溶性殼聚糖對植物病害的抑菌作用方式
　　1. 誘導植物抗性蛋白的產生
　　水溶性殼聚糖及其衍生物可誘導植物產生抵御病原物質的抗性蛋白——致病相關蛋白PR(pathogenesis -related proteins) 。所誘導的抗性蛋白主要為植物抗毒素(phtoalexin)、幾丁質酶(chitinase)、殼聚糖酶(chitosanase)和 1，3一葡聚糖酶( l，3一glucanase)等。許多研究都表明，它可誘導植株產生幾丁質酶、殼聚糖酶和 l，3-葡聚糖酶，這些酶的底物是真菌細胞壁的主要組分，幾丁質酶特別是在葡聚糖酶的共同作用下可在體外抑菌的生長。可誘導出的幾丁質酶、殼聚糖酶和l，3-葡聚糖酶彼此之間還有協同效應，以致抗菌作用更為明顯。
　　2 .誘導木質素形成
　　木質素是植物維管組織次生細胞壁的主要組分，它本身抗微生物的降解。大量研究證實，甲殼素和水溶性殼聚糖及其衍生物可誘使植物在其受病菌侵染點周圍木質化，形成一個物理屏障，從而阻止或延遲病原菌的生長和向周圍正常組織擴散，增強植物的抗病力。用甲殼素的低聚體處理小麥傷口(每個傷口用0.04 nag)結果表明，單體和二聚體幾乎沒有誘導木質化功能，而四、五、六聚體則有明顯的誘導木質素形成的作用。同時他們的實驗還證實，脫乙酰化的低聚體都無此作用，因此認為乙酰基是甲殼素和殼聚糖誘導木質形成所須的基團。
　　3 .改變植物的酚類代謝
　　人們研究天然抗體時注意到：在植物的病菌侵染點處，酚類(單寧.綠原酸等)物質大量積累。酚類是殺菌性物質，又是木質素形成的前體，所以植物體內酚類增多，不但自身可以抗病，而且還可促使病原侵染處木質化，因而使植物抗病能力增強。Ralph證實，它誘導的大豆細胞中酚類組成會迅速變化，如苯丙烷、香豆酸和綠原酸等都明顯增加。
　　二 .在農業中水溶性殼聚糖的主要功能及應用
　　1.在農業中水溶性殼聚糖的主要功能對植物適應性廣，親和性好，無毒無副作用，對人畜無害，能夠生物降解，在土壤中不板結土壤，可緩慢降解為小分子碳水化合物，對環境無公害，是一種優良的純天然生態制劑。它能促使植物種子提前發芽。根系發達，根毛、須根、次生根數量大大增加，根乃植物之本，根際發達，會增強植物的吸肥吸水能力，增強抗旱、抗倒伏能力，增強免疫力，達到粗壯多結果之目的。能充分活化根際狀態，溶解養分分子，迅速形成土壤溶液，使氮、磷、鉀等養分能得到植物充分有效地吸收。研究發現，它具有調節植物發育的功能，該產品是一種天然的植物生長調節劑，能發根促莖，使莖縮短，粗壯旺盛，有利于養分供應果實，其中微量元素在甲殼素的螫合下，容易被果實吸收，從而增加蛋白質、氨基酸的含量，從根本上改善品質。
　　2. 植物病害誘抗劑
　　研究證實，水溶性殼聚糖作為植物性功能調節劑，能調節植物基因的關閉和開放，誘導植物分泌抗性酶，這樣不僅可以促進植物細胞的活化，刺激植物性生長，還可以增加對病蟲害的自我防御能力，特別是較高聚合度的寡聚糖具有阻礙病原菌生長繁殖的功能，減少病原菌特別是致病真菌對植物的危害。研究發現該產品具有抗真菌活性，殼聚糖的衍生物如殼寡糖也有很強的抑菌作用 。因此它又被稱為新型植物抗性誘導劑．番茄苗用水溶性殼聚糖溶液浸根或噴霧，或在生長基質中加入它，可誘導番茄對根腐病的系統抗病性 ；黃瓜水培液中加入該產品可控制由腐霉菌(Pythium spp．)引起的猝倒病 ，此外，對大豆花葉病、大豆根腐病、小麥紋枯病、番茄早疫病、油菜菌核病、水稻惡苗病等都有抑菌作用。
　　水溶性殼聚糖為土壤有益菌如放線菌提供營養物質，可促進放線菌的繁殖并誘導放線菌產生殼聚糖酶，從而使土壤病原菌生長和繁殖；同時由于放線菌大量繁殖，可改善土壤微生態環境和提高植物品質，從而達到增產的目的。制成土壤改良劑，利用它的抗菌能力和改善土壤的作用，可將土壤與該產品溶液合成液體土壤改良劑，這種改良劑具有適當的穩定性和可降解性，降解以后是以較好的有機肥料，可供作物吸收，若將其噴灑到土壤表面，則能形成一層薄膜，還具有保墑作用。如將農藥或化肥摻入其中，使它們均勻混合，還可取得緩釋放的效果。